Dans la province biogéographique de l’Indo-Pacifique, auquel appartient l’Océan Indien, la biodiversité maximale se situe dans la région indonésienne et diminue d’une part, vers le Pacifique Est, et d’autre part vers l’Océan Indien occidental. Ce schéma général est compensé par l’émergence d’espèces endémiques qui confèrent à l’ensemble de la région un fort intérêt en matière de biodiversité.

Mais cette biodiversité est mal répertoriée, et de grandes zones restent encore inexplorées dans la région : les récifs des Comores sont très mal connus, ceux de Madagascar ont été intensivement explorés dans la région de Tuléar, de Nosy-Be, de Masoala, mais l’essentiel des récifs demeure encore inconnu. Ceux de Rodrigues commencent seulement à être explorés. Seuls les récifs des Seychelles (Aldabra), de la Réunion et de Maurice sont bien connus.

Les chiffres ci-dessous ne sont donc qu’indicatifs et bien en deçà de la réalité. Ils reflètent souvent l’effort de la communauté scientifique. Les maximums en nombre d’espèces, obtenus sur Tuléar (3500 espèces décrites) ou dans les Mascareignes, intensivement explorés par les scientifiques, donnent les ordres de grandeur suivants :

Du fait de sa localisation particulière, l’éco-région présente des particularités biogéographiques et l’endémicité y est relativement élevée.

Par exemple chez les coraux, les genres Horastrea et Anomastraea sont restreints à cette zone. Chez les mollusques, Chiton comorensis est endémique des Comores ; la double harpe (Harpa costata) est rare et localisée à Maurice, Réunion et au nord-ouest de Madagascar, tout comme le lambis violet (Lambis violacea).

Chez les poissons, l’endémisme est très marqué à la Réunion, à Maurice, Rodrigues, et à Madagascar. Le coelacanthe (Latimeria chalumea) est endémique à la région, sinon aux Comores, et à d’autres zones aval du canal du Mozambique (Madagascar, Afrique du sud).