Les principales espèces (ou groupes d’espèces) marines dites « phares » (d’intérêt majeur et/ou menacées) de la région sont les tortues marines, les mammifères marins, les oiseaux, le coelacanthe, les requins et les raies. A ces espèces phares s’ajoutent d’autres espèces parmi les holothuries ou les mollusques notamment, qui ont un intérêt économique et sont menacées par l’exploitation commerciale.
Tortues marines
5 des 8 espèces de tortues marines existant dans le monde sont présentes dans le sud-ouest de l’océan Indien. Deux sont plus particulièrement abondantes, la tortue verte et la tortue imbriquée. Les autres espèces : la tortue luth, la tortue olivâtre et la caouanne sont plus rares et ne nichent pas.
La tortue verte est présente dans toutes les îles ; le site majeur de ponte dans la région est localisé sur l’île d’Europa, site d’intérêt mondial avec 8 000 à 15 000 tortues par an, ainsi que sur la plage d’Itsamia sur l’île de Mohéli (Comores), où la population de femelles venant pondre est estimée aux environs de 1 500 individus par an. Madagascar et les Seychelles possèderaient également des sites importants de ponte, d’intérêt régional.
La tortue imbriquée nicherait surtout aux Seychelles, qui hébergeraient une des 5 plus importantes zones de ponte mondiales de l’espèce.
Cétacés
On estime à environ une trentaine le nombre d’espèces fréquentant les eaux de l’océan Indien. On a peu d’informations sur les menaces qui pèsent sur ces espèces dans la zone. Certaines informations font état d’une forte pression, liée aux captures accidentelles, sur quelques espèces de dauphins.
La baleine à bosse est la baleine la plus fréquente et la plus spectaculaire. Les alentours de la baie d’Antongil et de l’île Ste Marie, à Madagascar ainsi que les Comores, constituent un site d’importance particulière pour l’espèce, probablement une zone de mise-bas ou tout au moins une zone de nurserie. Les activités touristiques d’observation des baleines se développent de plus en plus.
Dugongs
Dans l’océan Indien l’espèce, autrefois abondante, est en déclin rapide :
A Maurice, il aurait déjà disparu ; Deux ou trois individus sont régulièrement signalés à Aldabra aux Seychelles ; ils sont quasiment absents des autres îles. À Madagascar, alors qu’il était possible d’en observer régulièrement jusqu’aux années 60, dans le sud-ouest par exemple (Baie de Saint Augustin, Sarodrano), il est devenu très rare ; il n’a pas été vu depuis 30 ans dans certaines zones. Pourtant, des informations rapportent des captures périodiques ou de rares observations en plusieurs endroits de la côte. De larges portions du littoral, non explorées, abritent de grands herbiers probablement favorables à l’espèce (côtes ouest et nord de l’île, principalement). Dans l’archipel des Comores, où ils étaient autrefois abondants, ils sont aujourd’hui extrêmement rares, mais des individus sont toujours régulièrement observés (par exemple dans le parc marin de Mohéli, où l’on pense qu’ils sont résidents). Quoique également en déclin en Afrique de l’est, le dugong reste encore abondant, principalement en Somalie, en Tanzanie, au Mozambique, pays qui supporterait la dernière population viable de la côte est africaine. L’espèce est donc devenue très rare dans cette zone et les populations sont très fragmentées, ce qui laisse craindre qu’elles ne soient plus viables, à moins de mesures drastiques de conservation.
C’est donc l’une des espèces marines les plus menacées de la zone. Les causes de son déclin sont liées à la pêche, intentionnelle ou accidentelle.
Coelacanthe
Découvert en 1938, le coelacanthe (Latimeria chalumnae), espèce relique mal connue présentant un intérêt scientifique mondial, possède une aire de distribution mondiale restreinte aux Comores, à l’Afrique du Sud et au sud de Madagascar. A la Grande Comore, l’effectif de la population d’adultes est estimé à 200 à 300 individus.
L’espèce est protégée internationalement par la Convention de la CITES. En l’absence de mesures de protection rapide, la disparition du stock dans les dix prochaines années est prédite par les experts.
Requins
Leur statut reste très mal connu mais ils font l’objet d’une pêche intensive en de nombreuses zones, en majeure partie pour le prélèvement des ailerons.