Les menaces qui pèsent sur les écosystèmes et sur les ressources marines de la région sont soit liées aux activités humaines, avec des impacts localisés mais immédiats, soit liées à des évolutions naturelles et globales, pouvant s’exercer sur tous les milieux.

De manière générale, les pressions s’exercent avec plus d’intensité sur les récifs coralliens, très sensibles aux perturbations, avec des conséquences importantes et immédiates sur le niveau des ressources halieutiques côtières, mais aussi sur les mangroves et les herbiers.

Cyclones

Outre leur rôle-clé dans l’édification des îles coralliennes, les cyclones entraînent une destruction des récifs par les houles et sur une forte sédimentation terrigène au débouché des rivières. Leur rôle est important dans les Mascareignes et sur la côte est de Madagascar.

Blanchissement des récifs coralliens

Les évènements de blanchissement à grande échelle sont principalement intervenus lors d’anomalies du système El Nino, qui se traduisent en particulier par le réchauffement des eaux de surface, entraînant des mortalités coralliennes. Les prévisions annoncent une augmentation de la fréquence de ces anomalies. Sur la base des hypothèses actuelles en matière de réchauffement climatique, les sites coralliens les plus vulnérables seront au stade de l’extinction en 2020.

Les zones de forte résistance ou de forte résilience au blanchissement constituent une des bases de la survie des récifs et doivent constituer des objectifs prioritaires de conservation.

Sédimentation terrigène

La déforestation des bassins versants, essentiellement pour l’agriculture, est cause d’une importante sédimentation sur les récifs. Ces apports induisent une dégradation des récifs frangeants par étouffement des coraux, augmentation de la turbidité et diminution de la lumière. C’est une des causes majeures de la détérioration des récifs, notamment dans certaines régions de Madagascar, aux Comores et dans certaines îles des Mascareignes.

Pollution des eaux

Les pollutions domestiques, agricoles et industrielles provoquent divers types de nuisance, dont l’enrichissement artificiel des eaux côtières en nutriments, qui induit une eutrophisation défavorable aux coraux. Ces phénomènes affectent essentiellement les zones de concentration urbaine (Réunion, Maurice, Madagascar ponctuellement).

Les risques de pollution accidentelle par les hydrocarbures ne sont pas négligeables, notamment dans le canal du Mozambique. Les mangroves sont très sensibles aux marées noires et sont en général détruites.

Destruction physique du littoral

L’urbanisation côtière et l’aménagement du littoral (ports, aéroports, routes, remblais gagnés sur la mer) sont souvent réalisés au détriment des récifs coralliens et des mangroves. Les phases de travaux se traduisent généralement d’importants rejets terrigènes qui étouffent les milieux environnants.

Surexploitation de ressources marines

Il s’agit du problème majeur de la région. L’exploitation intensive des ressources démersales dans les zones où le plateau continental, étroit, se réduit aux récifs coralliens, conduit à une diminution importante des stocks.

Bien que le caractère très informel de l’exploitation des ressources ne facilite pas leur suivi, on peut parler de surexploitation aux Comores et à la Réunion. A Madagascar, les efforts consentis pour la protection des écosystèmes forestiers terrestres ont pour effet d’accroître la pression humaine sur les zones côtières.

Outre le poisson, d’autres ressources subissent une surexploitation dans la région :

les holothuries (concombres de mer) avec de graves menaces sur certaines espèces,
les poulpes,
les requins et les raies, très fortement exploités pour leurs ailerons,
certains mollusques, comme les conques, prédateurs des étoiles de mer mangeuses de corail, le burgot, les casques et les lambis,
les langoustes,
le corail noir.

Méthodes de pêche destructrices

Dans la région, il s’agit de :

la pêche à la dynamite, qui est notamment pratiquée aux Comores où elle a conduit à la destruction de grandes surfaces de récifs, dont l’impact est toujours visible (éboulis et amas de blocs coralliens effondrés le long des pentes coralliennes).
l’utilisation du poison végétal, Tephrosia uruva, essentiellement utilisé par les femmes sur les platiers,
la pêche avec des filets à petites mailles, des lambis ou harpons (voire en scaphandre autonome),
la pêche à pied sur les platiers à marée basse (poulpes, poissons, coquillages), qui conduit à la destruction des coraux par piétinement ou par retournement des colonies. Elle est pratiquée par les pêcheurs mais aussi par les femmes et les enfants.
la capture d’espèces nouvelles (requins, etc.) par des engins non sélectifs ou innovants (palangre, etc.), qui entraîne la destruction de tortues, mammifères marins, etc.

Tourisme et les activités de loisir

Le tourisme a un impact lors de l'aménagement des infrastructures touristiques (construction d'hôtels, de marinas, etc.) et pendant le déroulement de certaines activités touristiques sur les récifs (piétinement des platiers, bris des coraux et collectes des organismes en particulier les coraux et les coquillages). Il entraîne aussi une pression accrue sur certaines ressources naturelles en vue de satisfaire la demande des consommateurs (par exemple les langoustes). Il est surtout développé aux Seychelles et à Maurice.

Conséquences du changement global

D’après les travaux du SCOR (Boston, 1998) :

le taux de CO2 atmosphérique devrait continuer à croître. Cet accroissement devrait entraîner une réduction de la saturation en aragonite dans les couches superficielles de l'océan, ce qui pourrait conduire à une réduction du taux de calcification par les coraux, et constituer une menace pour le fonctionnement des écosystèmes coralliens.
l'accroissement probable de la température de surface pourrait conduire à des déplacements des isothermes généralement associés à la distribution des récifs coralliens dans le monde et à des dégradations locales ou régionales de récifs coralliens, en relation avec des épisodes de température élevée de l'eau de mer (El Nino).
les taux projetés d'élévation du niveau de la mer (entre 15 et 95 cm en 2100) ne sont pas un facteur limitant sauf si, en raison de l'accroissement de CO2 et des autres pressions, le taux de calcification était insuffisant pour que les récifs compensent l'élévation du niveau de la mer.
l'accroissement en intensité et en fréquence des rejets des rivières pourrait accroître la turbidité des eaux côtières, ainsi que les apports en nutriments et en autres pollutions dans les récifs coralliens côtiers.
l'intensité et la fréquence des cyclones pourraient augmenter de 10 à 20% d'ici 2070.

Importance des pressions dans les différent états

Du fait du développement des activités humaines sur les zones côtières, de la démographie et de la demande des marchés extérieurs, les pressions s’accroissent indubitablement. Le tableau suivant permet d’apprécier les niveaux de pression pour chaque pays de la COI.

	Madagascar	Comores	Maurice	Seychelles	France
Cyclones	X	XXXX	XXX	XXX
Blanchissement corallien	XXXX	XXX	XX	XX	XXXXX
Sédimentation terrigène	XXXX	XXXXX	X	XXX	XXX
Pollution des eaux	X	X	XXX	XXX	X
Destruction physique du littoral	X	X	X	XX	XXX
Surexploitation des ressources	XXX	XXX	X	X
Méthodes de pêche destructrice	XXX	XX	X	X
Tourisme et activités de loisirs		X	XXXX	XXX	XXXX