Les pays de la COI forment l’éco-région marine de l’océan Indien occidental, dans l’ensemble biogéographique de la province indo-pacifique tropicale.

Les zones côtières et marines de cette région comptent des écosystèmes d’une grande richesse et une diversité biologique importante. Ils offrent également des habitats rares ou uniques à des espèces «phares», c’est-à-dire remarquables et/ou particulièrement menacées.

Ces systèmes biologiques côtiers contribuent largement aux revenus des populations côtières tant des milieux continentaux (Afrique de l’Est) que des milieux insulaires (îles du SW de l’océan Indien).

Les caractéristiques de cette éco-région sont liées à la circulation océanique, principalement sous l’influence du courant sud-équatorial, qui induit une circulation générale d’est en ouest, avec une branche nord-sud le long de la côte est de Madagascar, et une branche sud-nord sur sa côte ouest (schéma). L’hydrodynamisme est également influencé par les obstacles que constituent les îles, mais aussi par l’occurrence des cyclones, particulièrement fréquents dans la région.

Les courants marins déterminent la dispersion des organismes marins (larves, juvéniles) et la dissémination des espèces, de même que la distribution des nutriments. Les remontées d’eaux froides profondes (les upwellings) constituent des sources de nutriments et expliquent la résistance de certains coraux au blanchissement.

La géographie physique et humaine des îles de l’éco-région est très différente d’une île à l’autre :

• Madagascar est une île-continent,
• les Seychelles sont soit granitiques, avec un vaste plateau continental, soit coralliennes, sur socle volcanique,
• les autres îles sont d’origine volcanique.

S’y ajoute une morphologie particulière des fonds, avec le grand plateau sous-marin des Seychelles, celui des Mascareignes, qui s’étend de Maurice aux Seychelles et plusieurs autres hauts-fonds de dimension variable.

Les principaux habitats côtiers sont les récifs coralliens, les lagons, les mangroves, les herbiers, les îlots, les plages et les dunes. La distribution de ces habitats est influencée par le régime général et local des courants et des marées, la topographie des fonds, la présence et l’extension des plateaux continentaux qui entourent les îles, la morphologie des côtes, etc.